Archeologische vondsten uit de voorbije decennia tonen aan dat er op het grondgebied Aalter reeds bewoning was tijdens de prehistorie. Er werden een aantal stenen artefacten gevonden op een aantal paleontologische sites. Ze dateren mogelijk van 3000 tot 2000 voor het begin van onze jaartelling. Archeologen vonden ook de restanten van een bronzen bijl, die volgens onderzoek tussen 1200 en 1000 v.Chr. moet vervaardigd zijn. De naam Aalter dook, door de schenking van een deel van de Villa Haleftra (het landgoed Haleft(e)ra) door graaf Diederik van West-Friesland aan de Sint-Pietersabdij van Gent, voor het eerst op in het jaar 974. Deze naam is mogelijk afgeleid van het Germaanse halahdrja, wat jeneverbessenstruik betekent. Villa Haleftra zou zich op de huidige markt hebben bevonden, vlak naast de huidige kerk. Het landgoed werd omringd door velden (campis), akkers (agris), meersen (pratis), weiden en bossen. In 840 en in 1112 komt de naam Haltra voor.

De naam kan gesplitst worden in twee delen: eke en lo. Het eerste deel verwijst naar de eik, terwijl lo een bosje dat op zandgrond gelegen is aanduidt. De naam Eeklo verwijst dus naar een op zangrond gelegen eikenbos, of dat gekenmerkt werd door een opvallende eik. Gelegen langs de weg bovenop de zandrug die de streek doorkruist van west naar oost, vormde dit een duidelijk herkenningspunt voor de reizigers. Zo werd de benaming eke-lo een plaatsaanduiding.

Vanaf het Epipaleolithicum (ca. 11.000-8000 v. Chr.) en het Mesolithicum (ca. 8000-4000 v. Chr.) vinden we de eerste teken van bewoning. Grafmonumenten en sporen van voorhistorische en Romeinse nederzettingen werden teruggevonden. Ook zijn er grote circulaire structuren, vermoedelijk kringgreppels van afgevlakte grafheuvels of tumuli ontdekt uit de bronstijd. Vrij recent werd een Gallo-Romeinse nederzetting opgegraven. Evergem maakte deel uit van het Merovingische kroondomein, de fiscus Marca. In de 7e eeuw schenkt koning Dagobert I de fiscus Marca aan de pas gestichte Sint-Baafsabdij. De benaming Evergem komt voor het eerst voor in 966 als ‘Evergehem’ in de bezitsoorkonde van koning Lotharius van Frankrijk, waarin hij op verzoek van de Sint-Baafsabdij haar rechten bevestigt en de binnen zijn rijk gelegen bezittingen opsomt. De naam van de gemeente is dan al veranderd van "Everingahaim" naar "Evergehem" en dit is alleen van toepassing op het binnenste gedeelte van het oude centrum. Na de invallen van de Noormannen werden de heren van Dendermonde als voogden van Evergem aangesteld. Midden de 12de eeuw deelden zij hun macht als heren van Evergem met de heren van Gavere. De eerste paar eeuwen van haar bestaan Evergem was niet meer dan enkele gehuchten in de Kalevallei: Westbeke, Overdam, het stadscentrum en Langerbrugge. Misschien werden de grote velden van de Asschoutkouter al gebruikt voor landbouw, maar daar is geen hard bewijs voor. Hetzelfde geldt voor de gronden aan beide zijden van de Burggrave waar bijvoorbeeld Wippelgem en Kerkbrugge ontstaan zijn. Ertvelde met Kluizen maakte deel uit van 'het Ambacht Assenede'. Het westelijke deel, Belzele, was een onderdeel van de Vinderhoute-Merendree heerlijkheid terwijl Doornzele, de oostelijke zijde, behoorde tot de vrijheid van Desteldonk. In de late Middeleeuwen sprak men van 'het Graafschap Evergem'. Dit bestond bijna helemaal uit de vroegere deelgemeente Evergem, Wondelgem en belangrijke gedeelten van Sleidinge. In 1282 werd het graafschap verkocht aan de Sint-Baafsabdij. Het eerste Kasteel van Evergem werd in de 12e eeuw gebouwd en deed dienst als buitenverblijf van de abten. Bij de oprichting van het bisdom Gent in 1560 werden de bisschoppen eigenaars van het kasteel. Na de Franse Revolutie werd het privé-bezit. Op slechts 10 km van Gent, betekende dat veel welgestelde burgers uit Gent kozen voor Evergem als buitenverblijf. Daar was onvermijdelijk een boerderij aan verbonden die werd verzorgd door een pachter. Op die manier werden er door de eeuwen heen verscheidene pachtgoeden verspreid over het Evergemse landschap.